La APROSEMP está compuesta por una Comisión Directiva representada por las empresas asociadas, y una Gerencia General que coordina el trabajo para el logro de los objetivos de la Institución, la cual actualmente está a cargo de la Ing. Agr. María Estela Ojeda. En la Asamblea General Ordinaria del 18 de Marzo de 2011 fue designada la Comisión Directiva para el período 2011-2012 la cual es como sigue:
| Presidente: | VICOZA SRL | Luis M. Corvalán |
| Vice Presidente: | AGROCON SRL | Humberto Páez |
| Campos Secretario: | AGRO SANTA ROSA S.A.E | Breno Batista Bianchi. |
| Tesorero: | Cooperativa Colonias Unidas | Roberto Lang |
| Vocales titulares: | Semillería Paraná S.A. Tupí S.A. Manufactura Pilar S.A. |
José Corvalán Jorge Benítez Cubilla Efrain Martínez |
| Vocales suplentes: | CIA. DEKALPAR S.A. IRUÑA S.A.I.C. SAGSA |
José Paiva Ricardo Bagatelli Luis Arréllaga |
| Sindico titular: | GPSA | Diego Yegros |
| Sindico suplente: | AGROFERTIL S.A. | Hugo Acosta |